بیشترین حجم نمونه های آزمایشگاه مربوط به این بخش است و ظرفیت پذیرش تا 10 هزار بیمار را در ماه دارد.
این بخش خود شامل بخش ها و واحد های زیر می باشد:
بخش هماتولوژی
بخش بیوشیمی بالینی
بخش هورمون شناسی
بخش میکروبیولوژی
بخش آنالیز ادرار
بخش ایمونولوژی و سرولوژی
بخش آندرولوژی و آنالیز اسپرم
بخش تشخیص مولکولی
واحد میکروسکوپ فلورسانس