بخش آناتومیکال پاتولوژی آزمایشگاه جم یکی از بالاترین سطوح خدمات را در استان و منطقه ارائه می دهد و توانسته است اعتماد پزشکان شاغل در دانشگاه علوم پزشکی و بخش خصوصی را جلب کند. خدماتی از جمله انواع رنگ آمیزی های شیمیایی اختصاصی از قبیل Reticulin، PAS، PAS Fungi، Trichrome، رنگ آمیزی اسید-فست بافت و همچنین ایمونوهیستوشیمی در این بخش ارائه می گردد.